Metodi Computazionali Avanzati per il Drug Design: FEP, MPS e QSAR
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Il metodo FEP: Alchimia Computazionale
Il FEP (Free Energy Perturbation) è il metodo computazionale più rigoroso per calcolare l'energia di binding. Parte da un complesso noto e introduce una modifica chimica puntiforme sul ligando (1-2 gruppi). Viene definito "alchimia computazionale" poiché realizza all'istante, via software, variazioni che richiederebbero lunghi tempi di sintesi in laboratorio.
Basandosi su cicli termodinamici chiusi, la variazione finale di ΔG è indipendente dal cammino seguito. Tramite dinamica molecolare si valuta l'impatto della perturbazione:
- Innalzamento del ΔG: indica una modifica sfavorevole.
- Abbassamento del ΔG: conferma che la variazione aumenta la stabilità del complesso.
Il suo limite principale è l'elevato... Continua a leggere "Metodi Computazionali Avanzati per il Drug Design: FEP, MPS e QSAR" »